Pelaksanaan otonomi daerah tentu menimbulkan berbagai permasalahan dan dampak ini disebabkan karena kesiapan masing - masing daerah dalam mengimplmentasikan otonomi daerah juga berbeda - beda. Dibawah ini akan dijelaskan beberapa permasalahan dan dampak otonomi daerah yang terjadi di beberapa wilayah daerah di Indonesia sehingga kita bisa mengetahui apa saja permasalahan dan dampak yang terjadi sebagai akibat dari dilaksanakannya otonomi daerah.
PERMASALAHAN DAN DAMPAK OTONOMI DAERAH:
* KUALITAS DAN KEMAMPUAN PEMERINTAH DAERAH YANG TERBATAS
Jauhnya daerah dari pusat pemerintahan negara menjadikan ketimpangan kemampuan para personel di Pemerintah Daerah bila dibandingkan dengan kemampuan serta kualitas personel Pemerintah Daerah yang jaraknya lebih dekat dengan pusat pemerintahan. Kualitas serta kemampuan yang terbatas menjadikan pelaksanaan otonomi daerah hanya diimplementasikan separo - separo saja dan tidak maksimal.
* KETIMPANGAN SUMBER DAYA DAERAH
Tidak semua daerah di Indonesia merupakan daerah kaya. Seperti contoh: Kabupaten Kudus memiliki tingkat pendapatan daerah yang jauh lebih tinggi bila dibandingkan dengan Kabupaten Purwodadi. Ketimpangan pendapatan daerah dan juga sumber daya ini menjadikan sebuah daerah tampak lebih ungguk dan sejahtera bila dibandingkan dengan daerah yang lain.
* BIROKRASI KEGIATAN LINTAS KOTA YANG TIDAK PRAKTIS
Setelah diberlakukannya otonomi daerah, tidak ada lagi batas hirarki yang jelas antara satu kota / daerah dengan kota / daerah yang lain. Ini menyebabkan timbulnya birokrasi yang tidak praktis bila suatu kegiatan dilakukan antar kota.
* PELIMPAHAN URUSAN YANG TIDAK DISERTAI DENGAN PELIMPAHAN PEMBIAYAAN
Pelaksanaan otonomi daerah berarti Pemerintah Pusat melimpahkan urusan yang semula menjadi urusan dan tanggung jawab pemerintah pusat menjadi urusan tanggung jawab Pemerintah Daerah. Namun sayangnya pelimpahan urusan tersebut tidak disertai dengan pelimpahan urusan pembiayaan sehingga terkadang hal ini menyulitkan Pemerintah Daerah dalam menjalankan beberapa program dari pemerintah pusat
* PERBEDAAN KESIAPAN PEMERINTAH DAERAH
Setiap Pemerintah Daerah memiliki kesiapan yang beragam dalam melaksanakan otonomi daerah sehingga pelaksanaan otonomi daerah ini tidak bisa dilaksanakan secara serentak. Ini berhubungan dengan tingkat pendapatan asli daerah, kesiapan personel pemerintah daerah, dll
* MUNCULNYA BERAGAM ASPIRASI MASYARAKAT
Kekhawatiran terbesar yang sering diungkapkan para pakar tentang implementasi otonomi daerah adalah munculnya aspirasi dari masyarakat daerah yang berlebihan sehingga bisa menyebabkan terjadinya disintegrasi antara kepentingan negara dengan kepentingan daerah.