Sistem pemerintahan daerah sangat erat kaitannya dengan otonomi daerah yang saat ini telah berlangsung di Indonesia. Bila sebelum diperkenalkan otonomi daerah, semua sistem pemerintahan bersifat sentralisasi atau terpusat. Dengan pelaksanaan otonomi daerah diharapkan daerah mampu mengatur sistem pemerintahannya sendiri dengan memaksimalkan potensi daerah yang dimiliki. Walaupun demikian, ada beberapa hal tetap dikendalikan oleh pemerintah pusat. Seperti hubungan diplomatik, kerjasama perdagangan, dll.
Sistem pemerintahan daerah juga sebenarnya merupakan salah satu bentuk penyelenggara pemerintahan yang efektif dan efisien. Karena pada dasarnya tidak mungkin pemerintah pusat mengatur serta mengelola negara dengan segala permasalahan yang kompleks. Sementara itu, pemerintah daerah juga merupakan training ground serta pengembangan demokrasi dalam sebuah negara. Disadari atau tidak, sistem pemerintahan daerah sebenarnya merupakan persiapan untuk karir politik lanjutan yang biasanya terdapat pada pemerintahan pusat.
Mengapa harus dilakukan desentralisasi sistem pemerintahan? Karena pada dasarnya stabilitas politik nasional berawal dari stabilitas politik tingkat daerah. Masyarakat baik secara sendiri - sendiri maupun secara berkelompok akan ikut terlibat dalam mempengaruhi pemerintahannya untuk membuat kebijakan, terutama yang menyangkut kepentingan mereka / kepentingan rakyat banyak. Dengan pelaksanaan desentralisasi sistem pemerintahan bisa memungkinkan representasi yang lebih luas dari berbagai kelompok politik, etnis, serta keagamaan di dalam perencanaan pembangunan.
Sistem pemerintahan daerah juga membuka peluang bagi masyarakat daerah untuk meningkatkan kapasitas teknik dan manajerial sehingga bisa meningkatkan pengaruh serta pengawasan atas berbagai aktivitas yang dilakukan oleh para elit lokal. Dalam sistem pemerintahan daerah juga bisa memungkinkan para pemimpin daerah untuk menetapkan pelayanan dan fasilitas secara efektif di tengah - tengah masyarakat, mengintegrasikan daerah - daerah yang terisolasi, memonitor dan melakukan evaluasi implementasi proyek pembangunan dengan lebih baik bila dibandingan pengawasan yang dilakukan oleh pejabat dari pusat.
